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Nel 1609 il Cardinale Federico Borromeo inaugurò solennemente le Scuole Arcimbolde, create grazie alla cospicua somma lasciata da Giovanbattista Arcimboldi ai Padri Barnabiti, nel 1603, per l’istituzione di scuole aperte al pubblico.

Nel Settecento, sotto l’Imperatrice Maria Teresa d’Austria e l’Imperatore Giuseppe II, le Scuole Arcimbolde vennero riordinate dal punto di vista degli insegnamenti (alle discipline di carattere umanistico si aggiunsero nuove cattedre di insegnamento scientifico) e presero il nome di Scuole di S. Alessandro.

Durante il periodo napoleonico l’istruzione media venne riorganizzata sul modello francese: così, con la soppressione degli ordini religiosi e, quindi, anche dei Barnabiti (1810), nacque il Liceo di S. Alessandro. Tale denominazione venne mantenuta anche nel periodo della Restaurazione austriaca, quando il Ginnasio e il Liceo divennero “imperiali”.

Alla nascita del Regno d’Italia (1861) la Legge Casati diede assetto definitivo ai licei e nel 1865 il Liceo di S. Alessandro venne intitolato a Cesare Beccaria.

Nel 1957 il Liceo è stato trasferito dalla storica sede di Piazza Missori all’attuale sede di Via Linneo. Nel 2003 è stato celebrato il IV Centenario della fondazione.